La migration plasma5 a apporté son lot de nouveautés et de changement.
Non des moindres est l'emplacement des scripts de démarrages. Le .xprofile ne semble plus utilisable et les ~/.kde/env/ ne sont donc plus lus.
Après pas mal de recherches j'ai fini par retrouver ou placer mes scripts et environements.
~/.config/autostart-scripts/XXX.sh pour les scripts de démarrages.
~/.config/plasma-workspace/env/XXX.sh pour les environements.
J'utilise les XDG_DATA_DIRS pour spécifier des répertoires ou je peux placer mes wallpapers, icones, desktop partagés pour mes différentes distro.
J'ai donc créé un /home/pierre/.config/plasma-workspace/env/env.sh qui contient :
LOCALDIR=/data/apps/KDE
if [ -z "$XDG_DATA_DIRS" ]; then
    XDG_DATA_DIRS=/usr/local/share/:/usr/share/:$LOCALDIR/share/
else
    XDG_DATA_DIRS="$XDG_DATA_DIRS":$LOCALDIR/share/
fi
et pour lancer ibus, j'ai reporté mon .xprofile dans ~/.config/autostart-scripts/start.sh :
export GTK_IM_MODULE=ibus
export XMODIFIERS=@im=ibus
export QT_IM_MODULE=ibus 
ibus-daemon -d -x

Cependant en jouant un peu ardemment avec tous ces fichiers, je suis tombé sur l'infame "all shell packages missing" , "this is an installation issue" ...

Kubuntu_16.04_PlasmaDesktopMissing_Error.jpg

Il faut donc faire très attention, car point de probleme de distrib, mais si on casse les XDG path, tout se passe mal.
Je trouve ca assez fragile, meme si je l'avais un peu cherché.
Ca m'a permis de triffouiller le système et de trouver des possibilités de setting dans /etc/X11/Xsession.d/ qui permettent de faire ce genre de setting.
Liens :
Le post qui m'a sauvé
KDE Variables
KDE/plasma autostart