Je viens de migrer mon "owncloud" en 5 minutes chrono.
Ma basedir pour mon vhost owncloud est ow. Attention à la taille du repertoire data.
La mise à jour se déroule comme suit :
mv ow ow4
wget http://download.owncloud.org/community/owncloud-5.0.0.tar.bz2
bzip2 -d owncloud-5.0.0.tar.bz2
tar xf owncloud-5.0.0.tar.bz2
mv owncloud ow5 
cp -rfp ow4/config ow5 
cp -rfp ow4/data ow5 
# Si votre group n'est pas apache 
find ow5 -groups user -exec chgrp www-data {} \; 
# Si le owner est pas apache 
chmod g+w ow5/apps 
mv ow5 ow

Ensuite un ecran de progression de l'upgrade et en quelques minutes, le site est dispo.
Tout de suite il y a une grande différence au niveau réponse, c'est beaucoup plus fluide.
Le menu admin est partie dans le bouton en haut à droite et la barre de menu application a des belles icones.
Ca me rappelle Unity en bleu !
Coté fonctionnalité ca change peu mais c'est vraiment plus fluide et agréable à utiliser.
Par contre il me manque certaines extensions.
Pour corriger la perte de ces extensions, je copie les repertoire de ces applis de mon ancien repertoire ow/apps/ vers le nouveau.
Déloggue logue, puis les activer dans le bureau.
Voilà !
Pour une description plus détaillée => linuxfr.
Enfin une petite image :
owncloud5.jpeg